מגזין אלטרנטיבה מציג בפני ציבור הקוראים נקודת מבט אלטרנטיבית, דינמית וייחודית של סוגיות אקטואליות אשר עומדות במרכז סדר היום במדינה ומתאפיינות במחלוקת ציבורית בקרב החברה הישראלית.

השיח והפרסומים המוצגים במגזין מתבססים ככלל על אירועים והתפתחויות בזירה הפוליטית, הציבורית, החברתית והאזרחית במדינה, המהווים פועל יוצא של החלטות ופעולות המזוהות עם אינדיבידואלים, ארגונים פרטיים, גופים ציבוריים והרשויות בישראל.

המאמרים מתמקדים בנושאים שונים המשליכים על ציבור האזרחים ונוגעים לחברה, פוליטיקה, אזרחות, דת ואמונה, מוסר, ערכים ועוד.

לצד הניתוחים, ההסברים והסקירות שאותן מציע אתר מחשבה, מגזין אלטרנטיבה נועד להרחיב את הדעת באמצעות הרחבת היריעה הפרשנית.

משכך המאמרים חורגים לעיתים מבחינה וניתוח של המאפיינים אשר נובעים או מזוהים במישרין עם הסוגיה שבמחלוקת, ומתמקדים בתופעות ותהליכים אשר עומדים בבסיסם של אירועים אקטואליים במדינה, לצד ניתוח המניעים, התכליות וההשלכות ארוכות הטווח הנלוות לכך.